ولد البابا شنودة الثالث (نظير جيد روفائيل) كما ذكرت شهادة ميلاده فى 3 أغسطس 1923 بقرية سلام بمحافظة أسيوط بصعيد مصر.
التحق بجامعة فؤاد الأول، في قسم التاريخ، وبدأ بدراسة التاريخ الفرعوني والإسلامي والتاريخ الحديث، وحصل على الليسانس بتقدير (ممتاز) عام 1947.
وفي السنة النهائية بكلية الآداب التحق بالكلية الإكليركية، وبعد حصوله على الليسانس بثلاث سنوات تخرج من الكلية الإكليركية وعمل مدرساً للتاريخ، كما حضر قداسته فصولا مسائية في كلية اللاهوت القبطي وكان تلميذاً وأستاذاُ في نفس الكلية في نفس الوقت.
كان يحب الكتابة وخاصة كتابة القصائد الشعرية ولقد كان ولعدة سنوات محررا ثم رئيسا للتحرير في مجلة مدارس الآحد وفي الوقت نفسه كان يتابع دراساته العليا في علم الآثار القديمة، كما كان من الأشخاص النشيطين في الكنيسة وكان خادما في مدارس الآحد، ثم ضابطاً برتبة ملازم بالجيش.
كان ''نظير جيد'' اسمه الحقيقى كان خادما بجمعية النهضة الروحية التابعة لكنيسة العذراء مريم بمسرة وطالباً بمدارس الأحد ثم خادماً بكنيسة الانبا انطونيوس بشبرا في منتصف الأربعينات.
رسم راهباً باسم (انطونيوس السرياني) في يوم السبت 18 يوليو 1954، وقد قال أنه وجد في الرهبنة حياة مليئة بالحرية والنقاء، ومن عام 1956 إلى عام 1962 عاش حياة الوحدة في مغارة تبعد حوالي 7 أميال عن مبنى الدير مكرسا فيها كل وقته للتأمل والصلاة، وبعد سنة من رهبنته تمت سيامته قساً.
أمضى البابا شنودة 10 سنوات في الدير دون أن يغادره، وعمل سكرتيراً خاصاً للبابا كيرلس السادس في عام 1959.
رُسِمَ أسقفاً للمعاهد الدينية والتربية الكنسية، وكان أول أسقف للتعليم المسيحي وعميد الكلية الاكليريكية، وذلك في 30 سبتمبر 1962.