وكان الاتحاد الأفريقي لكرة القدم قد أجرى قرعة المرحلة الثانية، بعد أن قسم الفرق المتأهلة للمرحلة الثانية إلى عشر مجموعات تضم كل مجموعة أربعة منتخبات، بحيث يصعد متصدر كل مجموعة للمرحلة النهائية ليصل العدد إلى عشرة منتخبات، تلعب بنظام الذهاب والإياب، ليتأهل الفائز مباشرة إلى نهائيات كأس العالم 2014.
وتبدأ مباريات المرحلة الثانية من التصفيات في يونيو 2012 المقبل، حيث سيفتتح المنتخب المصري مبارياته بمواجهة منتخب موزمبيق بالقاهرة في بداية يونيو/حزيران، ويختتم مبارياته في القاهرة بمواجهة منتخب غينيا في السادس من سبتمبر2013.
المجموعة الأولى: جنوب إفريقيا وبتسوانا وجمهورية إفريقيا الوسطى وأثيوبيا.
المجموعة الثانية : تونس وجزر الرأس الأخضر وسيراليون وغينيا الاستوائية.
المجموعة الثالثة : المغرب وكوت ديفوار وغامبيا وتنزانيا .
المجموعة الرابعة : السودان وغانا وزامبيا وليسوتو
المجموعة الخامسة: بوركينا فاسو والغابون والنيجر والكونغو
الجموعة السادسة : نيجيريا ومالاوي وكينيا وناميبيا
المجموعة السابعة :مصر وغينيا وزيمبابوي وموزمبيق .
المجموعة الثامنة: الجزائر ومالي وبنين ورواندا
المجموعة التاسعة : الكاميرون وليبيا وتوغو وجمهورية الكونغو الديمقراطية
المجموعة العاشرة : السنغال وأوغندا وأنغولا وليبيريا .
مع تحياتى