توفي في 15 يناير 1950م على مصطفي مشرفة، ويشاع أنه توفي مسموما وقيل أن أحد مندوبي الملك فاروق كان وراء وفاته بسبب ما عرف عن غيرة فاروق منه حتى أنه عزله عن منصب رئيس جامعة القاهرة بالإنابة وعن منصب وكيلها نكاية فيه.
كما قيل أيضاً أن جهاز الموساد الإسرائيلي ربما يكون متورط في وفاته وذلك بسبب اصرار د. مشرفة على إدخال تطبيقات علم الذرة إلى مصر وهذا هو الأمر الأكثر تأكيد.
أينشتاين كان يتابع أبحاث مشرفة وقال عند موته.. (لا أصدق أن مشرفة قد مات، إنه لا يزال حياً من خلال أبحاثه ).
كان من تلاميذه فهمي إبراهيم ميخائيل وعطية عاشور وعفاف صبري وسميرة موسى ومحمود الشربيني .
و الجدير بذكر أن مشرفه هو اصغر عالم عرفه العلم كلة، فعلى المستو العلمى كان مشرفة أحد القلائل الذين عرفوا سر تفتت الذرة وأحد العلماء الذين حاربوا استخدامها في الحرب.. بل كان أول من أضاف فكرة جديدة وهي أن الهيدروجين يمكن أن تصنع منه مثل هذه القنبلة.. إلا أنه لم يكن يتمنى أن تصنع القنبلة الهيدروجينية، وهو ما حدث بعد وفاته بسنوات في الولايات المتحدة وروسيا..
والذي اعتقد أن علمه الذي جاهد في سبيل تنفيذه وتطبيقه كان سيحقق فارق في مستقبل مصر ومستقبل أولاده والكثير في مجال الطاقة النووية.
ولهذا يعتقد أن المساد هى الوحيدة المستفيدة من موته.
